Difference between revisions of "CRISPR info"

Revision as of 16:52, 29 October 2009

CRISPRs from JGI:

ID: Halomicrobium mukohataei DSM 12286, unfinished sequence: NZ_ABTY01000001
Start Potision: 1000310
End Position: 1002443
CRISPR length: 2133

ID: Halomicrobium mukohataei DSM 12286, unfinished sequence: NZ_ABTY01000002
Start Position: 201627
End Position: 204293
CRISPR length: 2666

Found on CRISPRFInder:

Two confirmed CRISPRs:

CRISPR id : tmp_1_Crispr_12
START crispr position : 2723382
END crispr position : 2725579
Crispr length : 2197
DR consensus : GTTTCAGACGGACCCTTGTGGGATTGAAGC DR length : 30
Number of spacers : 33

CRISPR id : tmp_2_Crispr_1
START crispr position : 31920
END crispr position : 34849
Crispr length : 2929
DR consensus : GCTTCAATCCCACAAGGGTCCGTCTGAAAC DR length : 30
Number of spacers : 44

11 Questionable CRISPRs:

CRISPR id : tmp_1_PossibleCrispr_1
START crispr position : 451036
END crispr position : 451146
Crispr length : 110
DR consensus : CCTCGACCGTGTCGGCCGCGCCGCC DR length : 25
Number of spacers : 1

CRISPR id : tmp_1_PossibleCrispr_2
START crispr position : 451266
END crispr position : 451422
Crispr length : 156
DR consensus : CCTCGACCGTGTCGGCCGCGCCGCC DR length : 25
Number of spacers : 2

CRISPR id : tmp_1_PossibleCrispr_3
START crispr position : 723910
END crispr position : 724040
Crispr length : 130
DR consensus : CCGCCCGAACACGCCGGTCCCGACCACGAGAACGAGAC DR length : 38
Number of spacers : 1

RISPR id : tmp_1_PossibleCrispr_4
START crispr position : 775514
END crispr position : 775595
Crispr length : 81
DR consensus : TGATTCGCCCAGCGAGCGCGTTCGTG DR length : 26
Number of spacers : 1

CRISPR id : tmp_1_PossibleCrispr_5
START crispr position : 1587713
END crispr position : 1587871 Crispr length : 158
DR consensus : TCGAAGGGGCTGTCGCTGTCGGTG DR length : 24
Number of spacers : 2

CRISPR id : tmp_1_PossibleCrispr_6
START crispr position : 1635784
END crispr position : 1635940
Crispr length : 156
DR consensus : CCTCGACCGTGTCGGCCGCGCCGCC DR length : 25
Number of spacers : 2

CRISPR id : tmp_1_PossibleCrispr_7
START crispr position : 1733154
END crispr position : 1733268
Crispr length : 114
DR consensus : GTTCGCCGGACCGTGTGGGTGTCG DR length : 24
Number of spacers : 2

CRISPR id : tmp_1_PossibleCrispr_8
START crispr position : 2087618
END crispr position : 2087725
Crispr length : 107
DR consensus : AGCGCCGGGCGACGACGGGCCAGC DR length : 24
Number of spacers : 1

CRISPR id : tmp_1_PossibleCrispr_9
START crispr position : 2127953
END crispr position : 2128039
Crispr length : 86
DR consensus : CGCTCGCTTCGAGGGCCGACACTCGCT DR length : 27
Number of spacers : 1

CRISPR id : tmp_1_PossibleCrispr_10
START crispr position : 2206888
END crispr position : 2206968
Crispr length : 80
DR consensus : CAGTCCAGTGAGGCGTCTCGTCGTCG DR length : 26
Number of spacers : 1

CRISPR id : tmp_1_PossibleCrispr_11
START crispr position : 2293949
END crispr position : 2294199
Crispr length : 250
DR consensus : CGTTCGCAGCAAAACGGGCCGGAAGGGATTTGAACC DR length : 36
Number of spacers : 2

BLASTing CRISPRs

I Blasted the two confirmed direct repeat (DR) sequences found by CRISPR Finder in order to see if these repeats are found in any other archaea.

DR sequences: 1. GTTTCAGACGGACCCTTGTGGGATTGAAGC 2. GCTTCAATCCCACAAGGGTCCGTCTGAAAC

For both DRs 1 and 2 had top hits with the three archaeal species with which we commonly compare H. mukohataei:

1. Haloarcula marismortui
2. Halorhabdus utahensis
3. Natronomonas pharaonis