Difference between revisions of "Malcolm C"
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| − | For the second half of the semester, we focused on finding ESTs of our genes using the [http://dev.vaccinium.org/ Washington State University Vaccinium genome database] as well as the [http://bioinformatics.towson.edu/BBGD454/ Towson State University Blue Berry Genome database] using 454 sequencing. | + | For the second half of the semester, we focused on finding ESTs of our genes using the [http://dev.vaccinium.org/ Washington State University Vaccinium genome database] as well as the [http://bioinformatics.towson.edu/BBGD454/ Towson State University Blue Berry Genome database] using 454 sequencing.<br> |
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| − | + | ATCTAAAAATAAATAAATAATTTGAGTAATAATTATTAAAGACGAAAAAaTAAaGATGACGAAATAGTAAAAGCTTTGGAAGATAAATTTTCAAACCTGGAAACCCGCAAATTACTCCCACTTGCATATATAAGTACTCA<br> | |
| + | TATAATTTTCTATTATTTAATTTAATGGGTCCTAACATGATTGTAGTTATTATTTTTTTTtATTATTATTGTAGTTATTTATACTACGCAAGATGAAGGGTGCACAAGTCTTCCATGTTGTGGAATATCGCAGCTACAAGCA<br> | ||
| + | TTTATTTAATGGGTACAAAATATTTTTGTAAGCGTCGtGCCCATTATAGGTGAGCATATAAGTCTATAAAGTATTAATTTAGAGAGGTCAATTAAAAAaGAaTCTCCCTGTGACACTACAATCGTGCTTGATGTCAACAAa<br> | ||
| + | TATGaCAAAAAAaTATATaTAAAaTaTAAAacAAgTACTTtCAtgcATtATTtaTTtAAtATTTttCAcACAAATTTGAAATTGATGCCGAAAAATTAGAAATTTCACATAAAATATTTATTTAAaTTAAAAATAGCACGGTTTTTC<br> | ||
| + | ATAAGGAACTAAAATTACTTGGCGGACGGAATACCAGAAAATCACGCAATTAATTCTTCAaGTTTTTCACTTTTCACGGAGGTGGGTTTATGATCtCGTAAATAAGTAGTTTCTTCTTTTTTtATTGTGGATATAATCTCCT<br> | ||
| + | TCTATTTTCTCTAAATATTGAGGATCATGATAAtGCAAAGATGCAAGTGGTGGCTAGCTCATGCGGTAAGAGCTCTTGGATGCTCCATACTGCATCCCGAGATCGAGTCCCATCTCCCTTCCTAATGTAATAAATCAGGA<br> | ||
| + | ATGATGAATGAAAAaTAATACGGAGTAATAATAATAATAATAATGCGAAGACCAAAAATTATGAGGATTTTTTtAGGAGGGTTtCGAATTACACCATCcTTTTTGGTAGGTGAATGGTTCAGTGCATGTGAGCATTTTAAT<br> | ||
| + | AAAATCATTACATATTTTGGtATCAAATGGTATTAGTATATATAATTAATTAATTAAGTAATTATGACCCCTTGCATGTGAATGAAGGTGGTGGTGGGACCACCAACACCAATACCAACTCAACGGCATATACATATTGG<br> | ||
| + | AATCGTCAATAGcGGGCAAGTGTGGTTGGTGGAaGgTTGGTGAAATGAAACTTTaGtCcACGTAACAaGAAAaGAGTTGGTGGCCATCCCcTTCAAGGGATATCATTTTCTTTTtAAAGGGCATaTAAAAAAAAAaTtAAAaT<br> | ||
| + | cACTAACAAGAAATTTTAAGGAAAaTAAaCAaGCCCAACcaTAAAACGGTAgATACCAAaTCTATACCACCTTATAGTATATCTATTTTGgAATTtCACACTAgTGATCAAACGGaTGTGGGgTTgCTGCTATGCAGCCCTAG<br> | ||
| + | CACAACAAGTGCTGTGTATTTGGCTTGTTCGTTACTGGGATGGACggCCcAGATTTTACCtCGGCACCTTTGCATCGAatCGTTTGTtGTCGTGCGTGCAAGTGAAATCTGGATCGTCCATCAGAGCAACGGATGACCCGGA<br> | ||
| + | TGTGCATAGCACCTGCTGTGCACGGGGgTgCACAACAGCAACCCcAGTTCTGATCAAACcAATTCTATTATTTtAAaGATTATTTTATGGgTCTTtGAAaGAAAAAAAaaCTCATTCGGATGTCGTTAAGGGCTTAATAGGAC<br> | ||
| + | GAAAATCGATCAAGCATTTAAtGATATtTGAATGAGTTGATTTTTTataGagACTCTtAAGAAtaTGTTTTAAATCAATTGAAtGACTCTgaTCATTTTTGTGGAATTCCAAAATAATTTTtACACGATAGGGTAAATATTTGGCa<br> | ||
| + | TACACCACATGGTATAaGCAtAGTTTTTTTTTTTttGgtGCCTTTACTTGgTTCATTTCCTTTATTTTTGCGAGTCTAAGTCATTATCGTTTCTAGGGATGGCAACGGGTAAgaCATGGATCAGGGATCCTATTTTACCTTCGA<br> | ||
| + | TCCTTAAATGGGAATTTCCTTTCCACCCCcACcTCCATATCTAAAAGGGaTAGTgTTttCCAcgATACCCGCCTCCCAATGGGGATCGgaTACACTtGGGTAAATtcATATCCAAACTAGTTGAAAAAaaGAACAaTAAGATCT<br> | ||
| + | AAAtAAAAATAaTTtaCgTGTCC<br> | ||
| + | BLASTn<br> | ||
| + | Got 3 EST hits<br> | ||
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I did BLASTn with (from scaffold near SSR primer) | I did BLASTn with (from scaffold near SSR primer) | ||
| − | + | TTTCTTGAGGTCTTCCAGGATGAGACATTCCCCCCTGGTGCTTCTATTCTTTTCACCCAGTCACCCCATGGGTTGCTAACGGTCAGTACATCCTTCCACAAGTGTTAGTTCTGCCTTTCTCTTCGCCTTTtGTTCTCTCTTC<br> | |
| + | CTTGTTGATTATAAAATAGGTAATGCAGTTCCTTGATTCAGGAACAATTTAAGCAGGTATCCAAATTTTCTTTtGAAaTTTGAGGgCAAGGAAATCACGATGATTTATGAGACTGATGTTGCATGTTAATTtCAGCTTGTAC<br> | ||
| + | CCCAGATGCAGCATCGATCAGGACATTGTGAATTTCTTTtGTTTTtGGTCACCATTACTTGGTTCTCTACTAGTTgACGGTTCACTGTGCACTAaGCTCCATTTTGATGGACTTCATAAAACaCGATGCAGGACAagATGTA<br> | ||
| + | AACCAGGCCCATGAAAATAGTTtCGTGTTTTAAATCaTTAAGCCTGTTCTTGACTTCGCCAAGAAGAtCAAACTCGTAGTATAAAGTATGTTGTTGAGAAGtGTTCTGAAAAGTAAGcAAATGGGTTTCTATTTtGGTTTTCA<br> | ||
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| + | GGAATCAATCATCGGGAAGCATGGCGTTTCCCcTGCAGCAAAGCAGAGTTTGGCGGCAAGAGTgtCTGCATTGTTCAAGGAGGCATAAGAAAGAAGGTTTTGGAAAACGATAAGAAAGAAGTCCTGTAGCAGAAAagttAg<br> | ||
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| + | AAACTCATCACATCTATCTACGACCTTTTCTTATTCTTCTTTgCAAATTTAAACCAAACcGagCCTTATGtCCCAATAaaTTGGGgTCTACTATTGGGgTCTACTATGtAAatCCcTTTTTttGtCcATTGGgATCTGtGCAAATTC<br> | ||
| + | AAATGATATTGAAATTAAaTTCGGCATAaTGGCGGTAGTGGTTATGGACATCATGAATTAGTAATGTCAAGTGTGGAAATTTTtGCTTGTTTtACTTTGtGTAATGCAAGATGTCGAGGCCAGTATACAAGGGTGGAGCCAA<br> | ||
| + | GATTTTAGGTAAgCGGGGtCAAAAATTAAACGCATATGCAATATAtATTTTTTCtATTTGCTTATGCAAAGAAATAACTAATTTGAGAGTTTAACTATAACGTAAATATACAATGATGCATGTATTTCTGCTTTATAATTGGT<br> | ||
| + | CCCAATGACTTATTATATCTTGAAAAaAaTCACTTATTCAGATTTTTtACTTATTTAATAAAAAAaGTGAGATTATATtAGCTTCAATTTGTAGTTAATTTATTTTAAAGTACTTGAAAATGTTAAAAAaGGTTTGACCAAAAa<br> | ||
| + | GTTTATTTATTTTCAAGAGTGCTTCTATAAATTCCTTAAGACAGGTAATTAATTAGAAGTTATTCTACAACTTATTTAACCAAATAATTTACACTCTTCTTTTAACTTATGAAAGAGCACCAAGCGTATCTATAAATTATTT<br> | ||
| + | ATAATTTTTAACTTTATACTTCTAAAAaTCATCATTTAAAATTTtAACTTATGAAGGAGCAAACAGCTGGgATTGATTTAAAATCTTCGGGACTAGTAGAGCCGCAAGGCCCGCAAAGACTTGCTTGgTTTTGCATACAGA<br> | ||
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| + | TAGCAAGCTCATGTATGTATTGGAGAGTTCAACACTTTATAGCTTTTTACGATAACTCGTATGTCTGGGCTAGTTTCAGTTCACCTCGAGtAATTTTGGGGACcAGTCGACTGTTTACTAGTGAGAGCTCCAATTAAAGCT<br> | ||
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| + | CTTGGGGAGGTTGTAATGGTTATTTACAATGATTAAAaGAAAAaTTATGCATAACGACAAAtCCAATAATTAAAAGCTTCATAATCCCTTCTCTCTCTAAAACGAAATCCTCTCACTCTAGAAaCCAAAAACCCTTATTTCT<br> | ||
| + | GTCTTtCCTTTtCCcTTtCCCCcTAGGgCTTCACCCATGCGGCAACAGTGTAAGAACCcGTGTTTTTAAATGATTTTTCAGAAATAATGTTGGGAAAATGTAAGGAAACgAAAATAGATTAAAGTGAGCCAATGTGGTGTTA<br> | ||
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| + | CcTTTCTCTCTCCcTCTCCATTTCTCTTGCCAAATCCATATCCCACACTCCACCTCTTTAAAATCTAACCTTAAATCCTTCATCTATGCGTGATTTGGAGTCCGAGTGTCTTTGGTTTCACTTGGAGgAGGTATATTTtCGG<br> | ||
| + | TTGAAATTCAAGAACAAAAgTTGGGGTTTCATTTCTCACCAATTGGAAGCTAAATCTTTGAGGTAGTGGACAAATTTCTACTCCCTcTAGTTGTATTTTGTTGATTTGTCGCATATACCATTGTGTTGCCCACAAATTtCTA<br> | ||
| + | GTCAATCGTGAAATCTCCCTAGAAATGGGTTTGGTTTTGATTGAGTTTGATTCCCACTTGTTTGGTTGTTAAATTCACAAATTGGTGGTTGATATACCCTTATTCCATGCTTAAATGATATTTGAAATTCCAAAATTGACA<br> | ||
| + | TGGGTTGGAACCCCCCTTCATTTGTGAATtGCTGTTAAAAATCTCATTTTGTAGcAGTAGATACCAAGTTAGTGAGGTACGATACCTTTTGGTTTTGTTCACTGATGGCGCGTTGGTATCTATACCAAGTTGGTGAGATAT<br> | ||
| + | GGATACCTGTTGGTTCTGTTCATTGACGgTGCACTGGCATCCATACCAATTTGGTGAGGTATAGATACCTTTCTTTCTGGTCGCTAAtGGTGCATTGGTATCGATACCACTCTTGGAGGTATCCAtaCCTTTTTAAAAAaGT<br> | ||
| + | TCCAAAAAACTCTCATTTGGTTTCCGGTTGACTTATTTGGTATCATACTTGATATATTCACCCCGTGCACTTTATTTTTGGTCGAATTGCGCCTTTCTAACCTACTTtCATATGATTGGTGATAaTGTTGATCTTCCAACGTA<br> | ||
| + | CTTTGACACATatAAACTTTGTAGAAATTGGCGATCTACGTTACATGAAATGAAAATGTATGATGTTTGTTATTTGGACATGTGTGAAATACTTGGTGATTTttGAACGAAAAaCAAGTTGATGCACTAGGATCACTACTCAG<br> | ||
| + | TGAGTCACTAGGAAAGGTTTCACGAGGCCCATAAGACTCGGACAAGGGTTCTACGAGGCTCATAAGATTCGGATATGAGTTCCACgAGGCGCATAAGACTCGGACATGGGTTAAGACTCGGACAAGGGTTCCACGAGGC<br> | ||
| + | CCATAAGACTCGGATAGAGGTTCTACGAGGCCCaTAAAACTCGGACATGGGTTCCACGAgCCCATAAGACTCGGACATGGATTCCACtAGGCCCAAAAGACTCGGAAGAGAATTTCAATATTCTCAAGCTTGAATTGATGT<br> | ||
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| + | ATTTTTACCTTTGGACATTTGTTGGTCATTCGTCACATGTTTCGAATATTtCGTAGTATCCATTGGTTGTATCACACATGATAGTCATTCTCTTATGCACATATCACACTTTATACACCTAACGTTTGTAGAATGGTTTtCCTAA<br> | ||
| + | TGGGCTAGTGAGCTCACCCTATCTTTTTCAGGTACATGGCAAGAAACATGTGTTGGATGCTTGGAGTGTGGATGCATtGCATGAAGCTTGTTTGATCATGAAGTCATTTTATCCTCCCCATACTTAGTATATTTTTGGGAGAT<br> | ||
| + | GATCATGTAACTTGTGAACACCCCGCcGGAGTTCACGAAAATGGTTTAAGAAAGCAGTTTCGATTgATTGGA<br> | ||
| − | Got | + | Got<br> |
| + | [[File:CHI.png]] | ||
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| + | 5) DFR<br> | ||
| − | > | + | I submitted the cDNA from grape<br> |
| − | + | ATTTTCTTCCCCGGATCATTTTTGAGAAGTATGGGTTCACAAAGTGAAACCGTGT<br> | |
| − | + | GCGTCACCGGTGCCTCCGGTTTCATCGGTTCATGGCTGGTCATGAGGCTCCTGGAGCGCGGCTATACTGT<br> | |
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| + | ATATGGAATTTTGCCGGGCTAAAAAGATGACTGCATGGATGTACTTTGTCTCCAAGACACTGGCTGAGCA<br> | ||
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| + | TGAGAATCCTAAGGCAGAGGGACGTTACATTTGCTCCTCCCACGATTGTATCATTCTCGATCTTGCAAAA<br> | ||
| + | ATGCTTAGAGAAAAATACCCCGAGTATAATATCCCCACAGAGTTCAAAGGTGTTGATGAGAACTTGAAGA<br> | ||
| + | GTGTCTGTTTCTCCTCCAAGAAGCTGACAGATTTGGGGTTTGAGTTTAAATACAGCTTAGAGGACATGTT<br> | ||
| + | TACTGGAGCTGTGGACACATGCCGGGCCAAGGGATTGCTTCCCCCTTCACATGAGAAACCTGTAGATGGC<br> | ||
| + | AAGACCTAGAAGAAGAATTTCTGTCAGGCTTTCTAGCGAGAGCGTAGAAATGTCCTTCATTCTGTGGAAT<br> | ||
| + | CAAGGTTTTCTGGTAGTTTGATTTGGCCAACTATGTATGAAGTTTGTCTACTATTTTATCCATTAAAGGA<br> | ||
| + | AATTATTCTAATGGTCAATGTGCCGGAAATCAGAGTTCGTTC<br> | ||
| + | Got back from BLASTn search:<br> | ||
| + | [[File:DFR.png]] | ||
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submitted from scaffold (near SSR primer) | submitted from scaffold (near SSR primer) | ||
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ATCAGCCAAAGTCACCAGTCACAGACTATCAGCATGCACCCTGGGCCAAGATCAAACTGTCCGTGTGCAATTAAGGTTTGATTATAAAATCCCAACAGTTAAAAACTAAGTAGTCATTACATCACTTtGGCTACTTATATATTCA<br>CCTAGATAGAATCAACCAACAGGTTcGTATGGCGATTCAGAGACACATGAAATACCATTGATGACAGGATATAAACACACCAACACAAATGCCTATtAATACAAATGAAGAGCAAGCATGAATTTTGTGCACATCATAAGT<br>TCATTAGCTAGGgCATAAATGGATACAATCTAAACGAGTCCTCAAAGTGCCGGCATTTtGTCTTGTTTTTGTCATTATTGTAAGAGCTGCTTCCTGCTgATAGTGCATTcTCTCCAAACTAAACCTACTAGGTACAAAACCTT<br>CATGGCTTCTTCAAACCTGGGTGGCTACCAAAGTACTACTCACCATTACACTAACTGTACTGACAACTTTCTTTATCTTGTTAAACCTGCTGAATACTTATCATTTGTAGCTTGTTGCTTATGTTAAAGTTGAGCTTGTTAA<br>CAAGCGGCAAGGCTTGTACCATGATTGGGTTACTATGAGACTAAGAGCACATACACGTCTACCGGCCTCCATGTGACACAAAGAGCAGAGTGACAATGCAAGGAGGTAGTGCATAAATGAAGCTTACATTGGAACTTTGT<br>AAAGTTTTAAACTTCAAAAGATGTGTTTTCTAAGAGTTATGTCTAACTTTTAGTTTTGAATGAAAAAACATGACTTTGCGAAAAGATGTTTAGAATCCTATAAATATAGGATCACCCCACTTACTTAGCCTAAATGACTTTT<br>AATTCTAACAACTCTCCGTATTATTTTCATATATTATGGGcAaTTcGATTCCTTCTTGGCACCCCCGTCTtCCACTGATCGTGTAACCTGGAGACAAACTGCGAGATCTATGGAAGGTATCTTGGAGTCGTATTCAGCCTTTG<br>GAACCTTCATGAAGGGAGGCAAATATGGCTTTAGGATTTATCCAAAAATATGGCTTTAGGACAGcGATTTGTCGTGCCTTTCATCGATTtCACATGCTAGTTTCCTAATTCTATTCATATTACATATTTGTGTGAttGTGTTCA<br>TATTTTTAGTGTTCAATGGCATTTCTAATTTCCTAGTGTTTTGTGATAATCATGTGACAAAaTCCCAACAGCTTATTCCATTCTAAGGCAGTAGTGAAGGAAACGACAAGTCAAAAAaTATGGACACAACCCGACACTCTAC<br>GGACAaCTGTCAAATACACCTAAATATGTGTCTAATTTTTCTGTACTAAATTTTCAAATGAACATGTTGTGGACTCTATAGGAAAGGTtGGGGATTCTCTGGGGCACGTTCAAGACACATAAGGAGTTAAAATGCAACTTTT<br>AAAAGTGGAGTCAAAACTTCCATTGCTGTTGAGTACATTAATATTAATGTAGTAACCATTAATTGGcATAATGTTAATACTATTGGTGTTTTTTGTGTTAATTtGATAGAAATAATCTTTTAACTTTTATACGAATTCCTACG<br>AATCATTGACTGATATAAATATACATTATATATtCCACGTGCCcTAACGTGCCCgAaTCTTAGTTTTTACGGAGAAGACATCCGTGTCCATTTTGTGTCCATATCCTTGCTTCTTAACTGTTAGATAATGACGATcAAAAATT<br>CGATCACTCCAAcGATTGAGACACTGCGTATAACACCAAACTCTCCACCAACTCTCTCACAAGTTGATGTGTCCCACACcTGCGGGGCTTGTGCGAGGGAAATTGAGCTGTTACAGTCTAACTAACGAATGCCAATTCAGT<br>GGGCTAATATTTAAGTTATTGTGTTCGATTTCTATGTTGTACTTCCATAAaGAAAAATTGGTGCATCTGTTGGAGTTTGTCCCACATTGGTTAATTAAAACCTCCAAATCTAGTATATGAaTCTGGGCAGCCTCTCCACTCA<br>TTGCCAATTGGTTTTGAGTTGGATGCATTAACATGGTATCAGAGCTAAGCTTTCgCAGGCTTTGGACCAATCTCTTGATTGATTGCCcTCTTgTtaGTGCGATAAAGTGCACCTTGTTTCAATATAATCCAATGTTACGGATC<br>TTTGTTTACCTCTCCCCATGCGGGAaCTAGACAGGGGTCGCACATGCGGAGAGAGCATCTAGATCTCAAGGCAAGTTGAAGTGAGaaaaaaaaaaagaaCAGTTTGTGATAAGCAGCAGAACTGAGACATCAGATGCTTGCTT<br>AAAAAACACCTTTCGATGTAATAAACAGATGGGCTGCCAAGCATGTGAccTTTTAAAACAGCaGTTAATAACATAGAAATCGAAGGTCTCCTATCTCACTACAATATCTATCCCCTAGACAATCCcCCTAAGTgTCTCTTtCG<br>AGAcaGTTTTCACATTATTATTGTTATTGTtCCACATTGCTTGGGTATGGAATGGGAGATCACTTAATAACATATGGAACCTCTCCACTAATTGCCAATTGgTTTTGAGTTGGATATAAAGTTTCCAAATGGTATTAGAGTGG<br>gCCAATTCCATCCCAAATTTCTTAACAAAAaTTAAATCAAGCCCACACCCCACGATGACAGACCCAGGAAAGGTTGTACgATGATAGAACCCAAAAATTGGCCACAGGTGACAGACCTAAATGTGGCTGCAGGTGAGGGG<br>GGAGTAAGAATAGTTGTCTCATATTGCTTGGGTATGGAATGGGAGATCACTTAATAACATTTGgAaTCTCTCCACTCATAGCCAATTAGTTTTTGAGTTGGATATCCACAATTATTTCAACATTGACTCAACTGAGCACCTT<br>TATCAATCTTTCATATCGACTCCCGTGTACAAGAGGCAAATCAGTGCAAAATCACCATAATACATAAAGCCAAAGCTTTCAAATATTCAACCACACCTGATATAGTCTCAAAGCATTTGAATTTCCAATTAGAGCTTGCAG<br>ATTAGACTTGGGAAGATCCAGCAGTTGTTGCACATTTGAGAAACCCCTTCTGCTTAGGGAACCGAAGAGATCATCAGTCATGCATGGCAACATCCATAGAGCAGTGTCACTGCCAAACCATAAACCCTGCAAATGAATCC<br>AAAAATCCATCAAAGTGTTGCATGAAGAGGAGAAAAATAGCAGAACCCACAAAACTAAACCTTCAAATGGAGGCTGTTTAAATCTTCTTGATGGACAGAATAAAAAGAAAGACAAGTGTAAGAACCAGGACACAGCTCCA<br>GGTTATTTCCAGGAAACTATTACTGCAATGGATAACATGGAACaatttATGTTCGAGAAAGAAAACCAGGTCACCTGTCCTGCAAATAAcTTTAGAAGTAGCCAATTTCCAAGGGACCCCGTGaGAAACCCTCGGCCGTCCG<br>ATGGTGTTTTGGACGGCCCGGATGTGTTAAaCACATTTGGGCCaTCCAAAACACGATtGGACGACCGTCGATAAGAGTGGTACATAAAGAATCGTTTATTCCCACAAGAAGATGCCTATTCAAATGGTCGAATACAGTTCC<br>CTAAAAGAACTTACAACTTACAAACTTTGATAATCATCCCTTAGCTGTGGAAAATAGGTCCGATTCACTTTCTTACCGAAGGGCGGGgAGGATAGATTGATTCAtCTAGCCTGTCAAGTAGAGCCCCCTATAGACGTCAAG<br>ACTTGACGGCCTAAATGGGTGTATCATGCCTTGGTtATTGATCCCAAGGCCCAATCCAGGATGAAAACTCCATCTATAGATCTCTAATGAGgACACAACCTTAACAcGATGGCCAAAAaTAGAAGCTTGATGCGTGAAACT<br>TCTGAAGAAAAAATTAACCCAAAAAGTTGATGTGTTTCGAGAAACATAAAGAAGCAATGGCTAAAATGACAAGATGATATACTGGTAGGTACAATAAACTACAGtGGGTAAATACAACCAACGAAGAGAGCCTCCAAGTTT<br>AGATCTCCCTATTGAATATTGGAGACCAATTCGTTGCTGCCAAGGTCAAAATTTGAAAGAGGCATAAACTAACCTAAGAATAGAACAAAACTTTTTATTTTGACTTCTGGAGCTTTGGAGGTCTAAGATAATCCCAAAGTC<br>CAGCGTGGTTTCTCTGGTCACAGAgaGAAATTTTTCCTAAACgaTACAAGAGATAAAGATGAcAACTATTAACTACCAACAGGGATAAAACCATGGTAAAAATACAAACTATACATAGATTTTTGGGTTATGGTTTACCCAC<br>cATTTTAATAAGTGCAAGTTCAGGAAAAGGTATACATGTATGTACCTACCCATTAATTCAAATTGCTGCACTGATGCGATTAACACAGAAACAGAATGTACTAGAAATCTTTCACAAGGGAAAAAAaTTTGCTTGGCCAGA<br>ATCGACAAAGGCAAGTCTAGTAGTACCAGCAATAACTTGGTCAATACAGAAAAATGCAACTTTTGCATCTTTTCTGAAATAATTGTACTATATTCCGCTTGTTTAGGTCTGTTTCGCTATTGGgTTGTCTTTTTGTGTTCAA<br>TGGAAACATAAAGCTTCATAATtCCACCCGTGGTTCCTTTCGGTCTCTTAGGAAATGGAAAGAGTTCAGCCATTTCTACAGAAACAAATATGTATTAATTTCATACTTCAACGAATGTCGCTTTAACgACATACCACAAATT<br>CACCGATGACTTAATTATTCTGGATTCACAATGACTGACTTAGCATCATATCGAGAAGTGCCTAGCAGTATCTGTGAAAGACCAAACATGTATTCcTGTCCTCATAGATTgttGGTACAAAACTTGAATTGATCGGGAAAGA<br>AGTGCCTGGTtGGAAATCATAGCAAACAAACTATAGTAAC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| + | submitted from scaffold near overlap sequence with query<br> | ||
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submitted from scaffold | submitted from scaffold | ||
| − | + | AAGCTTCGTTTAATTTTTCAATATATAAGAAATGCCAAAAAATGGTACATTGAGACAGTGGAGAGGGAGAGAAATCCAACCAAAAGTTAAATAAGAAAAAATTAAAAAACCACCCAAACATTAGACACCCGAGTACCCAACGGCCTCAACCTTATCGCCTTTATCGGTGAGGTAG<br>AGACCGTGTCAATGCCACCGCTGCAACCCACCACCAACAATCGTTTTAAGTTGCATCCAATTATGTTTATTTCCATAAACTAGCATAAACATTTTTCAATTTTTAGTCTACCTTTTAGGTATGGAATTTTTCATGATGTTATCTTGAAGTTTGGCTCTACCGACTGACTAAAT<br>TTTCGTGGCTCCGCCCGCGCGCAGGTGCCAACCATTGATCTAGAAGACTTGGTATCGGAGGACAAAGAGGCCAGAGAGAGATGCCACGAGGCGTTGAAGAAGGCGGCGACAGAGTGGGGGGTGATGCACCTAGTGAACCACGGCGTCCCCGAAGAGCTGATGGACCGG<br>GTTAGGGTGGCCGGAGAGGGGTTCTTCAATCAGCCCGTGGAGGAGAAGGAGAAGTATGCTAATGACCATGATACTGGGAATTCTGGGAAGATACAGGGGTATGGGAGTAAACTGGCAAACAATGCCAGTGGGCAGCTGGAGTGGGAGGACTATTTCTTCCACACTGTTTA<br>CCCTGAGGACAAGAGGGACATGAAGATTTGGCCCAAGAACCCATCCGACTACATGTAAGTTTTTTCTGAATAACGTCCATAGATTTGCTGTTTACATTAACGGGTCCGAACATGATGTATTTAGAACCATTCTACTCCGATAAACCTGGTGGTATAGAAAGGGGCGTACAA<br>AAAATGTACACAGCGCGTTTGGGGACCCATTTTTGGGTTCCACATGAGTGATCCGAACCGTTCATTGTTCTAAAACATTTTTCTGAGGGGGATCAAACAAATCAGCTCAATCGGACGGTTAGAAGTGCTTGAACCAAAGTCCCACCGTTTCAAATAAAAACTTTTCATTTGA<br>AACGGTGGGACTTTGGTTCAAGTACTTATTATAACCATCCGATTGAGCTGATTTTTTATGGGCCCCCTCGGAAAAATGTTTTAAGAACAATGAACGGTTCGGATCACTCGTGTAGGACCCAAAAGTGGGTCCCCAAATGCGCTGTTTACATTTTCTGTACACCTCTTTCTGT<br>ACCGCCAGCAGCGTCCGTTCTATTCAAGTAGGAACTACAAAAATTTATTCCACTAAGACCGCACATATCTCGAGTAATTTTGAACTTAATTTGCAGTACAATTTACTAATGTTTTATGCACCG<br> | |
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| − | + | 9) MybA1<br> | |
| − | + | did tBLASTn using amino acid results from scaffold03500<br> | |
| − | + | LGVRKGAWTEEEDCLLKKCIEKHGEGKWHQVPYRAG<br> | |
| − | + | [[File:Myba1_EST.png]] | |
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| + | 10) MYCA1 <br> | ||
| + | submitted from scaffold 00278 (BLASTn) <br> | ||
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| + | [[File:00278.png]] | ||
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| − | + | 11B) MYCA1 scaffold 00554<br> | |
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GAAAACTACtAaGAAACATTGTCACAAATGCAGAGGAACACAAACTcTTTCCAAACCAAATGAAGAAACTGAGTTACGTACGCCCAATGTAAACATTATGACTTTTTACtaCTAACCCTAGTGCAAATTATTGCACTATTGTTGCATTATGAAATTCTAAACTATCACAAGAATAATGAAGGGGTTTtATAGGCTA<br>ACCcTAacAACCTTAGCAAAATCCAAATAACCCAAAAGGACTAAAATACCCTGAACGTAAAAcaaaaaTAACGATAACCTTACAGAAACCcTAATGACACAAAAAGACTAAACTACCAtGAACATAAACAATAATCTGAAACCCTAAAttACACTCCCCCCCCcTCCTCcTtCAAACGCAGGATGCGAAGCCG<br>GAGAGCATTGTGAGTTTGCCAAGGGATTAACAACAGCGAATCAACTGCTGTGATGGTGCTGAACAATGCAAAGCaGTACAAAACTAGAATtTGCGAATAGGAAGAAGAACTGATGCCGAATAGATGCAAATAGGGGAAACCAATGCCAAACAGATACCAACCAGATGTCAAATTGCtGATGCAAACAAT<br>ACCAAGAGAGAGAAGAGAACAGAAgCAAAGTGTCAGATCAATTAAGATGCAAAGATCGACAGAGgTGTAGGGAGGAAGAACAGATGCAgAGAGATGCAAAAACTGATGCAGATTTAAGAGGTTCAAAAGTTTAGAGGTTCAAAGGTCCAACATAGCAGAATATTGCAGAATCAGAAGCCCAAGTAAGA<br>GCGCAAAATACCATAGTGGTTGTAGAAGcGGAGGTCGATATAATGTGCACCAGTCAATCGAAAGAAACCCACTCAATTGATGCAATCTGTCGATTCCAAGTGCATTAGGGAgaGACCCAGTCAACGTCGTGGACCAACCCAATCAGTTTAGAAGTCAATCAGAAgTtACCCAGTAAATTTAGGTAGAACT<br>ACCCAAAAGATTATGAACATGATCTGAAGTCATCGTGGCCaGaCTGGAGATTGGTTCGCCCAAGGTCGTCGGAGCAAGTCAcTGGGTGGgAGGTGGCTGCTGCTGCTATTGTGTTGTTGTAcGTGATGTTGCTGCTGGTGCGATGAACAGTTCATgTGAATGCCCCGcGAATGGTGGCAAGCCTTAGGcT<br>gCCcGCCGGCGAGtGAATATCCGACAtgCCTAGATCTTATTGCTCTGATACCATGTGACTTTGCAAAGAaGGAAAACAAAACTAACGTATTATtGCaTTATGAAAGTCTAAACTATTACAAGAATAATGAAGGGTTTtATAGTCTAACCcTAAAAaCCTTAGCAAAaCccTAATagCCCAAAaGAAAaTACCTG<br>GACATAAAAGATAAATAAcGATAATCTTActGAAACCCTAATGACACAAAAAGACTAAACTAcAATGAAAATAAACAATAAACAAAAAGACTAAATCAAAGGTTGGTAACTTTGCATGTAAGGGACAACCCACAACTCTACTAAAAAaGGGGGACAAACCATAGATTTCTTTTCAATAACAGCTTtCTTGG<br>AGAGAGAGAGAGAGAaGCATACcTGTAATAAtCCTTTTAGGTCCAAGCTCCCTCACAAAATCAAGTAGTCTAGACAATGCATCAGGAGTACGAGCATAATCCAcAATCACCCCAAATGCTTGTCCCTCATCTATCAACTCACACCTACCAGGAACTGCATCAACCTCTtCAATCCcTCTAACAATATCCTC<br>CAAAGGTGCTCCAACCGCAATTCCAACTGCAaCAGCTGCAAGAATGTTGTATACATTATGTCTGCCAAGCAACCCCGAAGAAATCTCCAATAAACCGTCGGGCGTTTTTACCAAGACCTGGGTCTCAAATAGAGATAGTTCAAATTTCAAAGAATGAACGTCAGCatCTTTATTCTCCACTGCATACGTCA<br>CAACAGGCACATCTGGGTTgCCTTGTGCAATAAAGGAaGCTGCATTCGGATCATCAAaGTTGACGATTTTCCTGTGTCTTTctGGGTCCACCATTCTTGAAAACaGCTTGACCTTAGCATCCCTATaCTCTTCCTCagaCCcTTCAAAaTCGTAACGgtCCCtGTCAAATTTGTGAAAACGgCAATGTCAAAGT<br>CAACCTCATTGCACCTCCCTAATGCTAGTCCATGTGACGAAGCCTCCATCACAACTGCTTCTGTCCCATTATGCACCATTTTCGCCagCAACTTCTGAACCAAAACAGCATCTGGAGtcGTACTTGGCGACTGCAACTTaTTATCTCCATGAATATAATACGCCACGGAGCTGAACATCCCAGTTCTCAAT<br>CCCATGGCTTCATACAACCCTTTAATCAAATACGCGGTGGTAGTCTTCCCATTTGTACCAGTAATCCCTATCACGGACATTTTCGTAgAGGGGTAaCCAAAAAAAGCTGCCGCCAATGCTGGgAGCACCGAACTTGTGTCTTCCACAATAACCACAGCCTTACAACCTAATGTCTCCTCTAAATCTATCTC<br>TTTACTAGTTACCACAGCAACTGCACCTCTCTTGTATGCCTCCGTCAGATACAAATGCCCATCAGTTTCCCTtCcGACACAACACACAAaCAAATCACCAGCCTCAACAAACCTCGAATCATGTTGAATCCCACTAATCTCTACCTCTAAATTACCATAAACTGAAACAGGTACTACTTTACTCTCATCTAA<br>AAGCTCAGCTAATGTCATATAAAACGTGGGGTCAACAATCCTAAACTTGTGACTTTTATCAATCTTATCGAAATCAATATCGAACGATGAATCAGAACTCAAATCAGACTTaCCCAAATCAGAACTCACCTCATTCTCCAATTTCTCACCCTCTTCATCATCACCCGCATCTGCCGGAATCACAGTGAGCC<br>CTCGCAGCTCCTCAATTTCCTCCAAATCAACCACTTCTTCAGGCTCCAGCTCATCAATACCCTCATCCACTTCCTCAACCTTCTTCTCTTTCCTAGGGTTAGGTTTCAACAAaCCCTTTTCAACAAACTCTTTCCTTGACAAAGCAATAGCCTTATCAATATCAGCAAACACATCATCCCCCGAATCTGTTG<br>GAAAAATATTTTAGAATTTCTGTAAACcAAAAAAaCCAGGGACAACAaTACAActATAGCTACCATAAACATTTGTGGCTACGGGAGTTACATTTGAAATTTGTAACTCTTTTACAACTTTCAATTAGCAAATCATTACAATTAAGTACAATTACAAAGCTATCACTGTTGTAAAATCAAATAATAGGTACC<br>ATGAAAATAAGAGAGAGTTCACTCTTGCCTTGGGcgAGGATAACTTTatCCACATTCGGCGGGgTTTTGTGGGTTCCGATTCGGTAATCAGAACCATTcATTTCGTATGACTTGATTTATCCACATTCGgCGGGGTTTTgTGGGTTCcGATTCgTTAATCAGAACCATTTATTTCGTATTACTTGATTTATTA<br>GGAGACcaTGTGAAAaTTCAGCTTAATCATAtAGTTGTAAGCACTCAaTCCAAAATTttAaTTTTtCTCCATCCagTTCTAAAGCTAaGGAATTaGACTTtCTATGCTCAaTATctAATTGATCTAAATTTTTTTGCGTTGTCTCCTAACAAATCAATTCATCCAAAaTAAGCAGTTCCAATTCCCATGGGTAAAAT<br>TACACTAGCTCTGTTGAACAGAATTGCTCGCTACAAACAATCAAATAAAATTCAAATCACAAAAAATCTAACAGAATCACCACCTCGGTCTTCGAACCCGGGATCGTCGGGTGCGTCCTCCTCGTCGGCAATTGCATTGAGAAAAATTGATTGCTCCTTTTCAGACCGCTCTTCTTGGATCTTTCTTGCT<br>TTATCAGCATGGCGCTTGACTTGCTGGAACCTGGATACCCCGTGCATGGAGTCTTCTTCCGCTTCGGGCGGGTCATCGTCGGATGGGTCCGGTTGGAATACGCCGTcGGGgCCGATTGCGGCAGGGGGTCGGAGTTGGAGTTGGGGTTTtAGGgTTtGGTGAGgAaGAGaGAGGAaaGGgAaGGgTTtGAa<br>TtGGGgAAAAaaTGTtGGATTTTtCAGAGAGGGGGTGAAGAGTGGgAAGGAGATgAAGGTGGGTGGCAATGGCATTGTAGAGAGAGATTAGAGAGAGAGAGAGAgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN<br>NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN<br>NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAACTCAATTCTTGAGGCCGCA<br>AACaCAATTCATGAGGCCTCGAACTCAGACTTTGTGGCCGAAaTGCTTTGGCTAAAAAAaaaCATTTTtttCTTtGGTCTTCATTAAAATAAAAaTTTGCATtcGTTAGTTTTGCGACGATTTTTGTGGTCTATTGGTTCGTtCcGACGAGATGAATCTAAAgAGtaTAAAAttAAAATTTTtaaagaTTTCACTAAAG<br>ACAAAAaTAATCTAGATTTTTgTgATTtATTAGATTgTTTTtGTCTTTATTCaCAAAAATTTAAGTTtCGTTCATAATTTTAtACTTTTTtAGATTCCTCTCGtGgAGAGAATCCAATAAATCACAAAAAAaTCGATGCAAAACTAGCAAAAACAAATTtCTTTTGAaTTAAAAAAAAaCATTTtAGTTTTTTtAGCC<br>AAAGCAAGTGAACGAAACTTGAATCTTGTGACCTGAAACTcccACCTTGTGACCACTAACTCGAACCTTTTGGCCTCAAACTCCAACCCTTtGGGCCGACAAAATGTtATTtCTCATCTTAAAAActtAGGCCTaTTTTGGCCAAAGTAGAAAATCAAGCTTTtCcTTTtAgCTTTTTTTTTTttGGgAAAAAAaCT<br>CAAAGGTAAAaGGTGGATtGTTTtGGCcTTTTTTttGTGCTTTTTGCTTTTCACCTTTCAAATTGTAATtGTTTTTTtATtACTTTTtGCTTATtGTAAaGTTACTTCTTTAAGCCAAATTCTATGACTTTtCgAaTCtCAAAAAAGCAAAAGGCTTGCTTTTCTAGTTTGGCCAAAATAAGCcTTtATCTCCATAAtttg<br>ttGACTACTTTGTtATTCATGATTTTTAaTCTTTAGtgATTTCTGTCAAATATTTtATTTTTTCCCTTTTTAGATGCATTCATACCTCTgTTTtAAAAAATATAAAAAaaaTTATGATATTAAGAAAAAaGACTAAAAaCgAAAAaTAGGCAACTATATACAAGCCTTTTtAAtCtAaaTAAAAAaCTCATCCAAaTAA<br>ATGCTACTCTAACTTGTTTTtCTCAACACTTTTGTCAACAACGTTTAAaTAATCTTGTGAAATGGAAATGAAAACTATTTTAACGCTCCTTTTTTTCTTTCTATCTATTGgCACTCAATTTCTTATCTTTTATtgCGTGACAAAaCTAAACTATCCTTGgTtCTTATCTCTTGAGTCAATTTTTtCATATAAAAGG<br>TAaTTCGAtACTtCCGCATGAATAAAAACCAAAAAaTGGGTGCCAATGGATAAAAAaTTaGCGTTAAAatCATTTCCCAAAATAAAaaTaGTTgCGTCAAGGTTCTAAAtaCCATAtCGTTTTTTCtAGTTGTACAATATGAACCAGtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN<br>NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTGCACTATGCTGCACCCTCCTCagATATTTTTGGTCagCTTCCCGCCAAACCCACTAGgCTAAAACCCTAGTTGCCTTTTCCCC<br>CACTCCAaAACCCTAGTTCtCTCTCTCTCCCTCCGCCACCAGTTCCCCACCCcACCACAACCAACCATGGACCCTCAGTCcGTTCAGACAAACCTAGTCCTCATCCTAGACTTCGGTtCTCAGTACACCCACCTCATCACgCGACGCATCCGATCCCTCTCCGTCTTCTCCCTCTGCATCTCAGGCACCTC<br>CCCTCTCAAATCCATCACAGACCtAAaCCCAAGTGTCATAATCCTCTCCGGTGGTCCCCACTCGGTtCATgCGCCCAACGCGCCGTGTTTCCCtGATGGGTTCATAGAGTATGTGGAGTCTAAGGGCGTGTTTGTTTtGGGCATATGTTATGGGTTGCAGCTGATTGTGGAGAGGCTGGGTGGGTGTGTtGG<br>GgTtGGCGAGAAGCAGGAGTATGGGAGGATGGAGATTGAGGTGGAGAAGGCTTGTGGTTTGTTTGGTGGGTCAAAGAAAGTTGGTGATAAGCAGGTTGTTTGGATGAGTCACGGGGATGAGGCTGTGAAGTTGCCTGATGGGTTTGAAGTGGTGGCGCGGAGTCAGCAGGGGtcGGTGGCGGCTGTGG<br>AGTGTCCTGGGAGAAGGTTTTATGGCCTTCAGTATCATCCGGAGGTAATTGGGTATCTTCATTCATTTCATTCTTGGCCTTGTGATACGCTGCCCTGTTTTAATTGTCTTTGTAATTTGGTtCTTTGGCTGGCTTTGTTTGGTTCTTTACTAGTGGTTATTGTTTGTACGCGAAGTGCTTACTTGCTGATATC<br>ATCTTCATGTTGAAGTGGTAAtAATGAATGAAAAATGGAATGAATTGACCCAATATCTGAAAAGTTATCGTCTTTAGTGGTACTGTGGTAGTGGCCTATAAAACTGTTAGCGAcACTCCCTCGtGATGTATCCTGCTCAGGCCcAGATCCTTAGCAAGAATGAGTCAATGACCATTGATCCCTTTtCAAGCA<br>CTTAAGCtgAaCTTCCACATGgTACCATAAAATCCCTGAATCCTCTCAGCACAAGCACTGATGATCTCTCTGTTTGAGTTTCACATCACTAGCCCAACCCCCAGAAAACcATCCTTATAGTTATAGTAGCCCCGTCAAACTGAATTGTGAGCTCACCTTCATTTGGAGCTTTCCATGAGCCAGCAAGATGTT<br>GGGATAGTACTACAGTCTTTGGAAATACAATGGGAGTTCTCTCAGGTAGCTAGCTGCATATTCtGCAAGATCACTGGCTCCCCTGTTTGTCCCtccAAAAAaTGTAATTGCCTATTTAACCAAATTACCCAAGCCACAATTAGAAagAGATCTATTATTtGTTGGAACCAACCCCCTCAATCTGCATAGCCCA<br>GAGATGCCCCTTTCTTCAAGCACATGCAAATCTTTGAATCGATAACCTTCCGTAAcATTCTTTGCTTACTCACaCtCTTTTAGACAACGAATGATGGTCTCCGGTGCGGCGCTGTCCCTCCACACAGGCTACAACAATCCTTAATATTAACCATTTTTTtGACAAGCTTATGGTTCATTGGGAAAATCCCCA<br>AACACAtCTTTCAcacaatgaCACAAACAATTTACTTTgTGTTGGgAaTTTTCAGATTCCAGATTTCTCCTAAGATCTcATATTATCCATGTCAGAAGATGAGAGTTGAGAGTgCTGAAAATGTAATGTCCCTTGTGGTGTAACCAGACtCcATGGTGTAAGTTTCTTGTTTAGTGAAGTTCCATGTTTAGTTGT<br>CTTCATTTCCCAGGaTAATAGGGGAATGTTTCATGtCcTATgAGCTTCAAAAGGGaTAAAaGATCACAGCTAAGATGTTCCTTCCAAACCCCAGTATTGTGGTCAACGAGGCCCTTtACTaCCATTCTCTCCGTATCAGGCTTACAaGAGCTTGTAGTTTTAaGGGAGAAGTGCTTGGgATCCATtGGTCTGG<br>CCACACCCTGGTTTtAtATCCcTTTCcGATCCtCcACCTAAGaCCCTTTTTAAGCACCTCCATACCCTCACACAT<br> 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| + | [[File:00554.png]] | ||
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| − | + | 12) UFGT <br> | |
| − | + | search with amino acids using tBLASTn<br> | |
| − | + | SIVAGVPIIGRPFFGDHQVDTWMVENVWKIGVRVEGGVFTKSGTMSALELVLSQEKGKEL<br> | |
| − | + | [[File:UFGT_EST.png]] | |
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Latest revision as of 12:42, 17 April 2012
This is where I will capture my progress on this project.
I will also be working on the 13 genes Allan gave us.
SSR Primer Hunt
The class has already completed 4 SSR primer designs (LDOX, CHS, StSy, and F3H).
Results from Blueberry 454 Scaffold Searches from Grape (given to us by Allan Brown)
AOMT Scaffold 00796
- Forward Primer GAGCTCTTGGATGCTCCATACT & Rev Primer CCTCATAATTTTTGGTCTTCGC (taa) x6 PCR product = 137 bp
- Forward Primer TATCCCATGTTTTGGCTAATCC & Rev Primer TTTGCTTTTCAATCGGGAAC (tc) x9 PCR product = 261 bp
AOMT scaffold 01781
- Forward Primer GGCGACTGTGTCTTTCAGTAAA & Rev Primer TAGGATTTCGAGGAGGAGAGGT (ct) x7 PCR product = 136 bp
- Forward Primer ATAAACAGGTAAACCGAACCGA & Rev Primer CCGATTAAATTGGAGCAGTAGC (tg) x7 PCR product = 262 bp
ANPER scaffold 00666
- Forward Primer TTTCTATCTCTCTCGCCGTCAT & Rev Primer GTTTTCTCACCTTGTTTTTGCC (ct) x21 PCR product = 219 bp
- Forward Primer CCGTTTCGATCTCTCTCTCAGT & Rev Primer CATCCCTAGATCTGACACCACA (tc) x14 PCR product = 278 bp
CHI scaffold 03186
- Forward Primer TACATCTTGAGGGGCAGTTTTT & Rev Primer GTGGAGTGTGGGATATGGATTT (tc) x5 PCR product = 121 bp
- Forward Primer ACGTGGTCCAATCTAACCTCAC & Rev Primer TAGTAAGTGGAGGCCGGTAAAA (cttt) x4 PCR product = 288 bp
DFR scaffold 03132
- Forward Primer TACATCTTGAGGGGCAGTTTTT & Rev Primer GTGGAGTGTGGGATATGGATTT (tc) x5 PCR product = 121 bp
- Forward Primer ACGTGGTCCAATCTAACCTCAC & Rev Primer TAGTAAGTGGAGGCCGGTAAAA (cttt) x4 PCR product = 288 bp
F3'H scaffold 01438
- Forward Primer CAGTGGTACAGTGGTGGATGAC & Rev Primer ATTCCCTTTCTCTTCCCATTTC (ag) x7 PCR product = 152 bp
- Forward Primer ATACCAATCCATAGTCTCCCGA & Rev Primer TCAGTTGTGTTTTTCAGTTGGG (ta) x7 PCR product = 279 bp
FLS scaffold 00142
- Forward Primer CAATTATACCCTTCCTGTCCCA & Rev Primer GAATGGATGAAAGGAACCCATA (ag) x8 PCR product = 214 bp
- Forward Primer CTAGCTCTCCCTCTCTCCCTCT & Rev Primer GTGGTACTCCATATCCATGCCT (ct) x8 PCR product = 295 bp
FLS scaffold 00374
- Forward Primer TGAGCATCATTGCCAGAGTAGT & Rev Primer GGATTTCATTCCAAGAGATTGC (ct) x6 PCR product = 295 bp
- Forward Primer TAGATTATCCGGGGAATCATTG & Rev Primer GATTCTCATGACAAGCCAGTTG (tc) x6 PCR product = 275 bp
MYBA1 scaffold 03500
- Forward Primer GCGAGGATGGAAATATATACGG & Rev Primer GCTTCATAAGCTGCTAGGCAAT (ag) x8 PCR product = 222 bp
- Forward Primer GCGAGGATGGAAATATATACGG & Rev Primer GCTTCATAAGCTGCTAGGCAAT (ttat) x5 PCR product = 222 bp
MYCA1 scaffold 00278
- Forward Primer CAGTATTTGAGCCGGAACCTAC & Rev Primer CGTACAGAGTTTCGCACAAAAG (ct) x7 PCR product = 268 bp
- Forward Primer TAGTGGGAACGAGTCGTCTTTT & Rev Primer AGTTGGTGCCCTTTTATGAAGA (at) x6 PCR product = 195 bp
MYCA1 scaffold 00554
- Forward Primer GGCTAAAACCCTAGTTGCCTTT & Rev Primer GGGTGTACTGAGAACCGAAGTC (tc) x6 PCR product = 157 bp
- Forward Primer CCCAAAAGAAAATACCTGGACA & Rev Primer GGAGCTTGGACCTAAAAGGATT (ga) x8 PCR product = 260 bp
UFGT scaffold 00304
- Forward Primer TGAACTACCAAAATGGGACAGA & Rev Primer NGACGGAGCACATCCTACTACA (ag) x10 PCR product = 207 bp
- Forward Primer CCCCAAATTCAGATCAAAGAAG & Rev Primer CTTATCTCTGCCCACCTACACC (ag) x12 PCR product = 230 bp
UFGT scaffold 01120
- Forward Primer TGTGTGTGTGTAGTGTGGTCGT & Rev Primer AAGAGAGAGGGGTCCTGAAAAC (ct) x11 PCR product = 132 bp
- Forward Primer TAAGCTACAGTACCTCGCCACA & Rev Primer AAGGATATGCCGACGAGTCTTA (tc) x6 PCR product = 196 bp
EST Search Results
For the second half of the semester, we focused on finding ESTs of our genes using the Washington State University Vaccinium genome database as well as the Towson State University Blue Berry Genome database using 454 sequencing.
Download my PPT summary.Media:Allans_ESTs.pptx
ANPER - anthocyanin permease
AOMT - anthocyanin O-methyltransferase
CHI - Chalcone isomerase
DFR - dihydroflavonol 4-reductase
F3’H flavonoid 3' hydroxylase
LDOX - leucoanthocyanidin dioxygenase
Myba1 - myb-related transcription factor
MycA1 - myc anthocyanin regulatory protein
UFGT - UDP-glucose:flavonoid 3-O-glucosyltransferase
1) ANPER
Submitted the 3’ most blueberry sequence from my scaffold00666
ggatggcaagctctggtagcttacatcaacttgggatcctattacat
Got this result from BLASTn search of Vaccinium database
>DR067294
Length = 260 Score = 60.0 bits (30), Expect = 9e-11 Identities = 39/42 (92%) Strand = Plus / Plus
2) AOMT 01781 search of Vaccinium database
Submitted carboxyl most amino acids that gave hits with my scaffold01781
Did tBLASTn
EEMVLEDLRPSRESTMKLNKMLAADPRVMISHASIGDGITLCMRV
No hits.
I submitted
ATCGAGCTAATATTTTATGAGACcACTTAAAAAaTTTAAAAAaTTATTTtAATATTAATGAACGATTCGGCTCATTTGTACTCTACGGA
From the scaffold
And got
>DW043195
Length = 523 Score = 48.1 bits (24), Expect = 7e-07 Identities = 33/36 (91%) Strand = Plus / Minus
3) AMOT 00796 search
submitted
ATCTAAAAATAAATAAATAATTTGAGTAATAATTATTAAAGACGAAAAAaTAAaGATGACGAAATAGTAAAAGCTTTGGAAGATAAATTTTCAAACCTGGAAACCCGCAAATTACTCCCACTTGCATATATAAGTACTCA
TATAATTTTCTATTATTTAATTTAATGGGTCCTAACATGATTGTAGTTATTATTTTTTTTtATTATTATTGTAGTTATTTATACTACGCAAGATGAAGGGTGCACAAGTCTTCCATGTTGTGGAATATCGCAGCTACAAGCA
TTTATTTAATGGGTACAAAATATTTTTGTAAGCGTCGtGCCCATTATAGGTGAGCATATAAGTCTATAAAGTATTAATTTAGAGAGGTCAATTAAAAAaGAaTCTCCCTGTGACACTACAATCGTGCTTGATGTCAACAAa
TATGaCAAAAAAaTATATaTAAAaTaTAAAacAAgTACTTtCAtgcATtATTtaTTtAAtATTTttCAcACAAATTTGAAATTGATGCCGAAAAATTAGAAATTTCACATAAAATATTTATTTAAaTTAAAAATAGCACGGTTTTTC
ATAAGGAACTAAAATTACTTGGCGGACGGAATACCAGAAAATCACGCAATTAATTCTTCAaGTTTTTCACTTTTCACGGAGGTGGGTTTATGATCtCGTAAATAAGTAGTTTCTTCTTTTTTtATTGTGGATATAATCTCCT
TCTATTTTCTCTAAATATTGAGGATCATGATAAtGCAAAGATGCAAGTGGTGGCTAGCTCATGCGGTAAGAGCTCTTGGATGCTCCATACTGCATCCCGAGATCGAGTCCCATCTCCCTTCCTAATGTAATAAATCAGGA
ATGATGAATGAAAAaTAATACGGAGTAATAATAATAATAATAATGCGAAGACCAAAAATTATGAGGATTTTTTtAGGAGGGTTtCGAATTACACCATCcTTTTTGGTAGGTGAATGGTTCAGTGCATGTGAGCATTTTAAT
AAAATCATTACATATTTTGGtATCAAATGGTATTAGTATATATAATTAATTAATTAAGTAATTATGACCCCTTGCATGTGAATGAAGGTGGTGGTGGGACCACCAACACCAATACCAACTCAACGGCATATACATATTGG
AATCGTCAATAGcGGGCAAGTGTGGTTGGTGGAaGgTTGGTGAAATGAAACTTTaGtCcACGTAACAaGAAAaGAGTTGGTGGCCATCCCcTTCAAGGGATATCATTTTCTTTTtAAAGGGCATaTAAAAAAAAAaTtAAAaT
cACTAACAAGAAATTTTAAGGAAAaTAAaCAaGCCCAACcaTAAAACGGTAgATACCAAaTCTATACCACCTTATAGTATATCTATTTTGgAATTtCACACTAgTGATCAAACGGaTGTGGGgTTgCTGCTATGCAGCCCTAG
CACAACAAGTGCTGTGTATTTGGCTTGTTCGTTACTGGGATGGACggCCcAGATTTTACCtCGGCACCTTTGCATCGAatCGTTTGTtGTCGTGCGTGCAAGTGAAATCTGGATCGTCCATCAGAGCAACGGATGACCCGGA
TGTGCATAGCACCTGCTGTGCACGGGGgTgCACAACAGCAACCCcAGTTCTGATCAAACcAATTCTATTATTTtAAaGATTATTTTATGGgTCTTtGAAaGAAAAAAAaaCTCATTCGGATGTCGTTAAGGGCTTAATAGGAC
GAAAATCGATCAAGCATTTAAtGATATtTGAATGAGTTGATTTTTTataGagACTCTtAAGAAtaTGTTTTAAATCAATTGAAtGACTCTgaTCATTTTTGTGGAATTCCAAAATAATTTTtACACGATAGGGTAAATATTTGGCa
TACACCACATGGTATAaGCAtAGTTTTTTTTTTTttGgtGCCTTTACTTGgTTCATTTCCTTTATTTTTGCGAGTCTAAGTCATTATCGTTTCTAGGGATGGCAACGGGTAAgaCATGGATCAGGGATCCTATTTTACCTTCGA
TCCTTAAATGGGAATTTCCTTTCCACCCCcACcTCCATATCTAAAAGGGaTAGTgTTttCCAcgATACCCGCCTCCCAATGGGGATCGgaTACACTtGGGTAAATtcATATCCAAACTAGTTGAAAAAaaGAACAaTAAGATCT
AAAtAAAAATAaTTtaCgTGTCC
BLASTn
Got 3 EST hits
4) CHI
I did BLASTn with (from scaffold near SSR primer)
TTTCTTGAGGTCTTCCAGGATGAGACATTCCCCCCTGGTGCTTCTATTCTTTTCACCCAGTCACCCCATGGGTTGCTAACGGTCAGTACATCCTTCCACAAGTGTTAGTTCTGCCTTTCTCTTCGCCTTTtGTTCTCTCTTC
CTTGTTGATTATAAAATAGGTAATGCAGTTCCTTGATTCAGGAACAATTTAAGCAGGTATCCAAATTTTCTTTtGAAaTTTGAGGgCAAGGAAATCACGATGATTTATGAGACTGATGTTGCATGTTAATTtCAGCTTGTAC
CCCAGATGCAGCATCGATCAGGACATTGTGAATTTCTTTtGTTTTtGGTCACCATTACTTGGTTCTCTACTAGTTgACGGTTCACTGTGCACTAaGCTCCATTTTGATGGACTTCATAAAACaCGATGCAGGACAagATGTA
AACCAGGCCCATGAAAATAGTTtCGTGTTTTAAATCaTTAAGCCTGTTCTTGACTTCGCCAAGAAGAtCAAACTCGTAGTATAAAGTATGTTGTTGAGAAGtGTTCTGAAAAGTAAGcAAATGGGTTTCTATTTtGGTTTTCA
TCTTTTTATAACACTCTTGGTTAATTTTtACCCTAAAAAaTACTCcATTAaTtAAGACCTAAAGACAAcTGGTTTGGGTtGATTATAGGTTTACTTTTATCTGTTtGGTGACATCACTAGATaGGCTGTGTTGCGACCTTGCCGA
TTGGTTTtCACAATCGGAGCACCTGAGTTATGAAGAGACATGCTTTTTtGAGGAACTTTAGGCCCGATATCGTCTTAACTCTTGAGAATCATTTTCTTCATTGATTTGGACATACACACACATGCATTCGAATCCGTGGTGC
AAATGATTCTGTAAGATACAGGTCATTTGAATCTTCATGCTCAAAACCCCCATTCAATTAGCGACTTACTTCTTACTTCCCAAGGAGCAGGAACTGCTCTTTTAACCCTTCTCCGAGGATTACATCCACAAACACAAAGTC
GATGGCAGACTGATATTACTCATCATCATTATCTATTGCATTTATTTTTCTTGTTGCTGATCATATGTATTTGACAAACTTTGGGATTACATGAGTATGTACATCCACAGATATGCATTGGTGTTGCGCGTGTATGTAGGAA
GTTGCAATGAAACAATAACGTTTTGATTTCCTATTGTTGATGCTTTATTTTCTGACTACAGATTGGCTTCTCGAAAGATGGTTTGTTACCTGAGACTGGCAAAGTGGTAATCGAGAACAAACAATTGTCCGAAGCAGTGTT
GGAATCAATCATCGGGAAGCATGGCGTTTCCCcTGCAGCAAAGCAGAGTTTGGCGGCAAGAGTgtCTGCATTGTTCAAGGAGGCATAAGAAAGAAGGTTTTGGAAAACGATAAGAAAGAAGTCCTGTAGCAGAAAagttAg
TAGtAGTTtATTGAgagaGGAAGATAAAATGGTAGAATCTCACTTCCCAGTTGATTCTGATGTTTCTCCATGAGTAAATGTATCTGTACGCTCTTTCATTTCCGTTTtGTCACTGTAATAAGAAGGCTTCAaCTTTTGCATTCT
AAACTCATCACATCTATCTACGACCTTTTCTTATTCTTCTTTgCAAATTTAAACCAAACcGagCCTTATGtCCCAATAaaTTGGGgTCTACTATTGGGgTCTACTATGtAAatCCcTTTTTttGtCcATTGGgATCTGtGCAAATTC
AAATGATATTGAAATTAAaTTCGGCATAaTGGCGGTAGTGGTTATGGACATCATGAATTAGTAATGTCAAGTGTGGAAATTTTtGCTTGTTTtACTTTGtGTAATGCAAGATGTCGAGGCCAGTATACAAGGGTGGAGCCAA
GATTTTAGGTAAgCGGGGtCAAAAATTAAACGCATATGCAATATAtATTTTTTCtATTTGCTTATGCAAAGAAATAACTAATTTGAGAGTTTAACTATAACGTAAATATACAATGATGCATGTATTTCTGCTTTATAATTGGT
CCCAATGACTTATTATATCTTGAAAAaAaTCACTTATTCAGATTTTTtACTTATTTAATAAAAAAaGTGAGATTATATtAGCTTCAATTTGTAGTTAATTTATTTTAAAGTACTTGAAAATGTTAAAAAaGGTTTGACCAAAAa
GTTTATTTATTTTCAAGAGTGCTTCTATAAATTCCTTAAGACAGGTAATTAATTAGAAGTTATTCTACAACTTATTTAACCAAATAATTTACACTCTTCTTTTAACTTATGAAAGAGCACCAAGCGTATCTATAAATTATTT
ATAATTTTTAACTTTATACTTCTAAAAaTCATCATTTAAAATTTtAACTTATGAAGGAGCAAACAGCTGGgATTGATTTAAAATCTTCGGGACTAGTAGAGCCGCAAGGCCCGCAAAGACTTGCTTGgTTTTGCATACAGA
TTGCCCATTTGATTTCCTTTTTATGGGCCTTGTAATTTGGTCTGATTTAATCAATAGAAACTGCGTTTGTTCGTCCTAAAAAAaGGTTagATAAAGATCCTCTTATTTGATGATTTCTATTGTGATGCAAAACGAAATTACA
TAGCAAGCTCATGTATGTATTGGAGAGTTCAACACTTTATAGCTTTTTACGATAACTCGTATGTCTGGGCTAGTTTCAGTTCACCTCGAGtAATTTTGGGGACcAGTCGACTGTTTACTAGTGAGAGCTCCAATTAAAGCT
AAAGAAGCTCCGTATGAATTGACTCAAAaGAGTTGAAAGCACCTAAGATGTTTCGATCCTAAAATCTTAAAAGGAAGCAAACCCCTAAGTTTTAGGGTCATCAGGCCAACTGCTTAGGgTTAACTATTTATAGCTTTTAA
CTTGGGGAGGTTGTAATGGTTATTTACAATGATTAAAaGAAAAaTTATGCATAACGACAAAtCCAATAATTAAAAGCTTCATAATCCCTTCTCTCTCTAAAACGAAATCCTCTCACTCTAGAAaCCAAAAACCCTTATTTCT
GTCTTtCCTTTtCCcTTtCCCCcTAGGgCTTCACCCATGCGGCAACAGTGTAAGAACCcGTGTTTTTAAATGATTTTTCAGAAATAATGTTGGGAAAATGTAAGGAAACgAAAATAGATTAAAGTGAGCCAATGTGGTGTTA
ATAGATTGCATGTGAGTGCATTTAGAACACATTAGAGACATGTGGCGTGTGTGTGCAATTAAGGGTGTGCATATACATCTTGAGGGGCAGTTTTTTTTTtAAAaCtAAAaCACTTCTCTCTCTCTATAGGgCCcGCTGCCC
CcTTTCTCTCTCCcTCTCCATTTCTCTTGCCAAATCCATATCCCACACTCCACCTCTTTAAAATCTAACCTTAAATCCTTCATCTATGCGTGATTTGGAGTCCGAGTGTCTTTGGTTTCACTTGGAGgAGGTATATTTtCGG
TTGAAATTCAAGAACAAAAgTTGGGGTTTCATTTCTCACCAATTGGAAGCTAAATCTTTGAGGTAGTGGACAAATTTCTACTCCCTcTAGTTGTATTTTGTTGATTTGTCGCATATACCATTGTGTTGCCCACAAATTtCTA
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Got
5) DFR
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GCGTCACCGGTGCCTCCGGTTTCATCGGTTCATGGCTGGTCATGAGGCTCCTGGAGCGCGGCTATACTGT
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AATTATTCTAATGGTCAATGTGCCGGAAATCAGAGTTCGTTC
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6) F3’ H
submitted from scaffold (near SSR primer)
ATCAGCCAAAGTCACCAGTCACAGACTATCAGCATGCACCCTGGGCCAAGATCAAACTGTCCGTGTGCAATTAAGGTTTGATTATAAAATCCCAACAGTTAAAAACTAAGTAGTCATTACATCACTTtGGCTACTTATATATTCA
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AATTCTAACAACTCTCCGTATTATTTTCATATATTATGGGcAaTTcGATTCCTTCTTGGCACCCCCGTCTtCCACTGATCGTGTAACCTGGAGACAAACTGCGAGATCTATGGAAGGTATCTTGGAGTCGTATTCAGCCTTTG
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AATCATTGACTGATATAAATATACATTATATATtCCACGTGCCcTAACGTGCCCgAaTCTTAGTTTTTACGGAGAAGACATCCGTGTCCATTTTGTGTCCATATCCTTGCTTCTTAACTGTTAGATAATGACGATcAAAAATT
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TTTGTTTACCTCTCCCCATGCGGGAaCTAGACAGGGGTCGCACATGCGGAGAGAGCATCTAGATCTCAAGGCAAGTTGAAGTGAGaaaaaaaaaaagaaCAGTTTGTGATAAGCAGCAGAACTGAGACATCAGATGCTTGCTT
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gCCAATTCCATCCCAAATTTCTTAACAAAAaTTAAATCAAGCCCACACCCCACGATGACAGACCCAGGAAAGGTTGTACgATGATAGAACCCAAAAATTGGCCACAGGTGACAGACCTAAATGTGGCTGCAGGTGAGGGG
GGAGTAAGAATAGTTGTCTCATATTGCTTGGGTATGGAATGGGAGATCACTTAATAACATTTGgAaTCTCTCCACTCATAGCCAATTAGTTTTTGAGTTGGATATCCACAATTATTTCAACATTGACTCAACTGAGCACCTT
TATCAATCTTTCATATCGACTCCCGTGTACAAGAGGCAAATCAGTGCAAAATCACCATAATACATAAAGCCAAAGCTTTCAAATATTCAACCACACCTGATATAGTCTCAAAGCATTTGAATTTCCAATTAGAGCTTGCAG
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AAAAATCCATCAAAGTGTTGCATGAAGAGGAGAAAAATAGCAGAACCCACAAAACTAAACCTTCAAATGGAGGCTGTTTAAATCTTCTTGATGGACAGAATAAAAAGAAAGACAAGTGTAAGAACCAGGACACAGCTCCA
GGTTATTTCCAGGAAACTATTACTGCAATGGATAACATGGAACaatttATGTTCGAGAAAGAAAACCAGGTCACCTGTCCTGCAAATAAcTTTAGAAGTAGCCAATTTCCAAGGGACCCCGTGaGAAACCCTCGGCCGTCCG
ATGGTGTTTTGGACGGCCCGGATGTGTTAAaCACATTTGGGCCaTCCAAAACACGATtGGACGACCGTCGATAAGAGTGGTACATAAAGAATCGTTTATTCCCACAAGAAGATGCCTATTCAAATGGTCGAATACAGTTCC
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TCTGAAGAAAAAATTAACCCAAAAAGTTGATGTGTTTCGAGAAACATAAAGAAGCAATGGCTAAAATGACAAGATGATATACTGGTAGGTACAATAAACTACAGtGGGTAAATACAACCAACGAAGAGAGCCTCCAAGTTT
AGATCTCCCTATTGAATATTGGAGACCAATTCGTTGCTGCCAAGGTCAAAATTTGAAAGAGGCATAAACTAACCTAAGAATAGAACAAAACTTTTTATTTTGACTTCTGGAGCTTTGGAGGTCTAAGATAATCCCAAAGTC
CAGCGTGGTTTCTCTGGTCACAGAgaGAAATTTTTCCTAAACgaTACAAGAGATAAAGATGAcAACTATTAACTACCAACAGGGATAAAACCATGGTAAAAATACAAACTATACATAGATTTTTGGGTTATGGTTTACCCAC
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CACCGATGACTTAATTATTCTGGATTCACAATGACTGACTTAGCATCATATCGAGAAGTGCCTAGCAGTATCTGTGAAAGACCAAACATGTATTCcTGTCCTCATAGATTgttGGTACAAAACTTGAATTGATCGGGAAAGA
AGTGCCTGGTtGGAAATCATAGCAAACAAACTATAGTAACAGCCTCAAGTGGTGAAGGCATTCCCAATGTAGATCCTGAAGAaCTTATATCAGACAAATGTTGCATTAACAGTCAAACTACAAAGTTGAACATTTTGTACT
TAGTTGCATGATGGACAATATTTTACCTATCATTCGCAATGAAACTGGCAAAATCACTACATGGGCGAAATAAATAATCAACTCTTCTAACTAGTTCAATgTAATTTCAGACATCCAGCGTCCACTGTCCACTCCCAATTTT
CTATAGaTATGAATAGGATTATTTCATACGACATGATAAAAGAGGTCATCATAAAAACGACGAAAAACTCCTCATAAGAACATTCGGcAGAATGCAATATATTGTTTAAAAGCAAGCTTTTAACAACAGCAACCATGTGAT
TGATGAGACTGATGATTAAGATGGAAAAGACAGTACATACAGAATTAGAATCACCATTCTATTCTTATCTATCAGACCGTTCATCTACTGGGAAAAAGCAAAAAAGCAACGACCGGGAGAAATACCTGCATGACCATTTG
AAGAAGATGCATACAGGTGATTGTACTTGAAAGCCATCCACTGTTCGCACATATATCTATCATTGCCTGTATGATACGTATACTTTGATCGAGCACAGATTTCAAGTCTGTGACATAGTCTGTGATtGGTAATTCTAACTGA
GAAAAGTGGGCCTGCAGACCAAACATCATATATTTAAGAAGATAAGACCCCAAGAACAAACACAGAACCATGTATTATATCCAGAAGACAGTCAAAAAGTGATGTCGACCTGGAAAAGTAGATTCGCTTTAACATGTGGA
TCATCTAAACGATTCTTATCCACCATATACGGAACTTTCACAGACAATGCTTCATTGTAGTTTTCCTAGAACCAAAGAGAGGATGATTAGAGAAAAAGTCAACAGACATTTCATGTGTTATTAATATAAACTTTGAAGATGA
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GTGCTCTGGAAAAACTCTCTTCACAAAaCATAGATCATTACGCATAGTTGTTCAGCtcTTTtTTTTTTTtAAAaGCAACAATGTCAAGgAaGTAGCACTGTTCCTGAGTTAAAATATACACCAACACGTTAAACTGAGACAGCG
AGAAACCCTtCCTGGTTGGTGAAAGCAAAATCAGAATTTATTAGTTTGATAATTAGCAAAAAAAAAaGATGATCACAATTAGAAAACCACCTCATTATGCCTCACAGGAAGCTCATCATATTCGGAAGAACCAGACAGTAT
GTGAAGGAAAACCTGCAACGAAAAACAAATGAAGTGAAACATTGCTTAAAAAGGGATGAAAATGGAAGTTATACCGGCTATATGTTGGAGTTTTTACTTCAAGAGATGTATCCGGGCCTATATTTGAACCAAACATTGAA
ACAGTCATGTACTTCAGGTAATACTGAGAAGCTATTGAGCCCAACATCATAGGTTCCACGCTGTCTTCATTCATCTTCAAACACCCACTGTCTTCCAGATCCTCAAAGGTGTTTTGCACCAAGCTGCCAAACAAAACGGTT
ATAGAAAATTGCACTACAACAAAACCTTGGGTCATACAGTAGGTTATTACCTTGACAAATATGAACTCACAATTTCAGGTCCAGTATCCtCTAAGCCATAGTAAGCTGGATTAACCATCTGTCACAGGGATATATTTTTTGT
AAGAAACTTTAGCAGGGAAACAAAGACAGCTGAAAGCCCAaTGCTGGGTATAGAAGCTGTGGTGTGATTCCATCCTCAGTCGATCATTGTTCCAAAGATGAAAATATCATAAACATGCAcAATTGAACAcTATAAATGCAT
CTAGTCCATTATTTCAGGGAACATGACatGCATGTTTTGGGCAATCACTACAATCATTACGCTGAAAATGCAAATTGAGAAtAGCAGGTATCCAGGTCAACTTCGTGCTTATTATGAGGCATACATGGCATCATTATTTTGC
TAATAATGTTAaGCAAGAGAGTGTCTCTACGCATTGCTTAAGTTGAGACACCAAATCGAGCCTTCCACATCACcGAACTCGATAATCATTATAGACTAACAGAGTTTTAGTAATTCACTCCATACGCTCTGCTTGTTATCAT
CTACATAATTATATTAATGGGTTTGATGCCTTAAATAAATCTTTCCAAACAGCCGGGAAATAACCAATATTTTACTAGATTTTAATCTCAACTTCCAAGGGTACAAAACATTTAAAAAATATTTGGTATTGTACATGACCAA
ATAAGTACAAAACAGTTTCAAAAACTTTTCTGTTGTTTTCTCAAAATTGGGTTGTCTTTAGAGAGAAATATTGTTTGCCAAACAAGATTGGTGTTTAATGGAAACGGAAAATAGAAAAGCAAAACAAaCaaaacaGGTGATTA
GCTACCATAAGTTACAACTACTGTTCAACTTCAAAGAATTTAGCATTTCTGTTTAAATTAAAAGAATCTAATGTTAATCATGTGAAGAAACCAAAGAAGCaCTTCCAACAGCTAAACTAACACGGAAAGTTAACAACCTGG
TCATATGCATTTTACATTTTCCCCATTTTACAATGTGCTCCCACAAAAATGTGAAAACGTGTTCTTATGTAACCTCTCTTCAAGTTTCGGATACAGGACTCTGCTTGTTGACATCAACCTTGCATAGATGTTCAAAATATTT
TCTGCCATTATAAGACAAAAGAAGACCATTTTTTCTCTTCCCAAACTTTTGTATGCATCTTCCCAATATTTAAAATGTGCCTCACATCCCAAGTGTAAGTGTGTGTGTGTTTAACACTGGATGTtCTTTCCTGATAGGTGTAA
GTGAATGTAATCAACATAAATATAGTTTGACAaCCGAGAGAATGTCCAATATATCTATAGAACACAAAACAAGAACTCCAGTCTCtAGTACACGCTTTATCCTTCTGAAATGAGTATAATAAGAAAATGAGGGgAAGCCTA
GAATAAGTCAGGACCAAGCAAGGTGCTTTAAGCgCTGATTTACTTATTGCGCATAAAAAGGAATTGCcGAAATTTTACCAATCTCCGAAACAAATAAGTCCAGGTGAGATAATGAATTGCATCCTCTCTATGGCAAATTGT
TCCAGAAACTATCTCAGCATTAATGTGGTCATGCAACTGCTCCCTCAGACTACTTTCAACTGGGAATGGTTCATACAGAAACTGCAACAAATAAAAC
7) FLS
submitted from scaffold near overlap sequence with query
GAGAGAGAGGgaGgTTGcTGCAATCACGCTCTAGTATCGGTtGTGAACTCTGCCGCAGGAGAGGTGCGAATGGTAGGTGACGTCagCGGCGATGCGaTGCTGGACGCcGGTGATGGGACTGGGAGGGGCTTGGGGTTTTGAAGGACCAAAGGGAGTAGACCATTAGGAGAGTtAGGTGGAGGTCC
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TGTTGCTTAAATACTTGTCtAATTTTTtCTTGTATTTCTTTTATTCAAACACATGGTAGATGTTCAAGGACACGTTGGCAAAACTCATAGAGCGTGCTAAGGACACATAAAAGGTTAAAATaTAATTATTAAAACTtGGCCATAGGTGAAAATTtCCACCGATGTATAGTCATGTATACTTAtgCg
CAGACTGCTAATTTATCTTTGTTGtaTTaTTTCTAAATTAGATAGAAATAAAGATTTCTAATTTATATGAATTAATCACATACCTCTATGATACAAaTAAaTTTtATATTGGACGTATCCCCAACGTGTCCTTGTCCTAATTTTtGAAGAAATAACGTGTGTGCGTATCCGCATCGTGtcGTGTTCG
TATCCCgTATCCGTGtCcGTGCTTCTTAGACAATAAATATTGATCgTCGGTAGCCACACAGTTTACTAAGGGGCAAAATGTCTAACTAGTTGGATTCAaCTATAGCAGTAGCCGCTAAAACTCTGTAGGCTCgCTCTCTACTCCTATGGTAGCCTATGCTGCTAACTCAGTTGAtGGaTAGCAT
GGATCCcATAGAGCTCTCTCAGTCTCTAGCCTTGTTTATGGCTCAAATCCCTCCTCATCTCCAGTTTCACATCACCGGACAGCTATATAGCCAAGCCTATTGTATTTTTtGTATGAACACTATGGAATCTTTCATTCCgAaTTCAACACGGCTATCCAGACGGAACCTGAAGTGAGGCTTTAAT
CTGGGTTCTCCCATACGTACCCTTTTtATTGAGAATGCAAGGCATTTACGGATTGACATCCAAAATAAGATaCAGACATGGGACAAAGCTATGTGAATGCCGTGTtAATTAATTGGGGAGCTATTCCATTAGTATTAATTTTGTATACCACAGAAACTTCTTGCCTCTAGTtGTCCACTTTTCCC
TctcATCCTCTCATTCTGGGTGACCCTTATATGTGCATATATATAGATATCAACCCACAAACGCAAGGTTGATTAGTGATCATAGAAaGAAAAAaTGATGGACCAGAAGGAGAGAGTGCAGGCCATTGCCTCGGTGTCAACAGACACCATACCGGCAGAGTTCATCAGGCCAGAAAGTGAGC
AGCCCGGACTCACAaCCTaTGGTGGGCAGGCCcTTCAAGTCCcGGTCATCGATTTCTCAGACCCGCACGAGGAAATCCTCGTGGGTTCCATTGTCGATGCAAGTTGCcAaTGGGGAATGTTCCAAATTGTGAACCATGAGATTCCAGTAGAAGTAATAAGAAAATTGCAGCAAGTTGGgAAA
GAGTTTTTTGAGCTCCCACAAGAAGAGAAGGAGGCTTATGCTAAGCCTGTTGGGTCAAAGAGTGTGGAAGGGTATGGAACAAAGCTGCAAAAGGAAGTGGAAGGGAAGAAAGGTTGGGTTGATCATTTGTTCCATAAGATATGGCCTCcTCATACTATTAACTACCAATTTtGGCCTAAAAa
CCcACcTTCTTACAGGTTCgTGATaCATTTtCTTCTCTCTCGATTATTCgTTAGGGgCAGATAGAAGGgCAAACAaTTAGAGTACTACTGTTTTGgCAAAAAaaTGGATtATTTTTTTGTCTTTATTCAAaTAAAATTTGCATTtgTtAGTTTTGCGTTGATTTTTTGTGGATTATTagTTCATCTCGA
CAAGATGAATCTAAAAAGTCAAGAGTTACTATCAAAattaaaaaaaaaaaGTTCaCTAAAGACAATAATtCAAAATTTtCTCAAAaCACACATTCATGCGATTCGACATTtGTCATTACGCATGCGTATaTTGGGAaCATcTGATCTGCaTTTtttATTttGgTtATTTTtCTTGGTGTcTTATAAAAATGTT
GtGTCTtGTt
8) LDOX
submitted from scaffold
AAGCTTCGTTTAATTTTTCAATATATAAGAAATGCCAAAAAATGGTACATTGAGACAGTGGAGAGGGAGAGAAATCCAACCAAAAGTTAAATAAGAAAAAATTAAAAAACCACCCAAACATTAGACACCCGAGTACCCAACGGCCTCAACCTTATCGCCTTTATCGGTGAGGTAG
AGACCGTGTCAATGCCACCGCTGCAACCCACCACCAACAATCGTTTTAAGTTGCATCCAATTATGTTTATTTCCATAAACTAGCATAAACATTTTTCAATTTTTAGTCTACCTTTTAGGTATGGAATTTTTCATGATGTTATCTTGAAGTTTGGCTCTACCGACTGACTAAAT
TTTCGTGGCTCCGCCCGCGCGCAGGTGCCAACCATTGATCTAGAAGACTTGGTATCGGAGGACAAAGAGGCCAGAGAGAGATGCCACGAGGCGTTGAAGAAGGCGGCGACAGAGTGGGGGGTGATGCACCTAGTGAACCACGGCGTCCCCGAAGAGCTGATGGACCGG
GTTAGGGTGGCCGGAGAGGGGTTCTTCAATCAGCCCGTGGAGGAGAAGGAGAAGTATGCTAATGACCATGATACTGGGAATTCTGGGAAGATACAGGGGTATGGGAGTAAACTGGCAAACAATGCCAGTGGGCAGCTGGAGTGGGAGGACTATTTCTTCCACACTGTTTA
CCCTGAGGACAAGAGGGACATGAAGATTTGGCCCAAGAACCCATCCGACTACATGTAAGTTTTTTCTGAATAACGTCCATAGATTTGCTGTTTACATTAACGGGTCCGAACATGATGTATTTAGAACCATTCTACTCCGATAAACCTGGTGGTATAGAAAGGGGCGTACAA
AAAATGTACACAGCGCGTTTGGGGACCCATTTTTGGGTTCCACATGAGTGATCCGAACCGTTCATTGTTCTAAAACATTTTTCTGAGGGGGATCAAACAAATCAGCTCAATCGGACGGTTAGAAGTGCTTGAACCAAAGTCCCACCGTTTCAAATAAAAACTTTTCATTTGA
AACGGTGGGACTTTGGTTCAAGTACTTATTATAACCATCCGATTGAGCTGATTTTTTATGGGCCCCCTCGGAAAAATGTTTTAAGAACAATGAACGGTTCGGATCACTCGTGTAGGACCCAAAAGTGGGTCCCCAAATGCGCTGTTTACATTTTCTGTACACCTCTTTCTGT
ACCGCCAGCAGCGTCCGTTCTATTCAAGTAGGAACTACAAAAATTTATTCCACTAAGACCGCACATATCTCGAGTAATTTTGAACTTAATTTGCAGTACAATTTACTAATGTTTTATGCACCG
9) MybA1
did tBLASTn using amino acid results from scaffold03500
LGVRKGAWTEEEDCLLKKCIEKHGEGKWHQVPYRAG
10) MYCA1
submitted from scaffold 00278 (BLASTn)
tacattattttcctttctttctttCTCCTTTCTGACTTGATTGACaTAGTATTAACCGATACGATAGTATAATAGAaCAAGGGATCTACCCTGTTCCCTTCTCCTTTACGGTTCAGgAATTCATCTCCATTAGTCATGAACCCCGcTTGgCCcGCCATTGAGTCACAACTCTTCTtGTACAAACTTC
TTTCAACTgaTCAGTCGATAGGAAAGTCGGATGACTCAGATGCCTCTACTGTAAGTaGTGGGAggtGCATAATtCATTATACGGGGGaCCAAATCACAATTTtgAGGGAACATTCCTTCATAATTtATACAAACAAAACCTAAAATATAGTACCAATAATGAATAATTGGGAGg
TGTGCCTACCCGGGCCCTCGTATCCACCCTACCTGcAGGCTGAAATATTTCCTTTGAATATGTTGATGTAGTTCcCCTCAATTTTTTATTTTTATTTTTTAGAAATATCACCGTTTGGAAAATCTCAAATAAAgAGTAGTGGGATATAAAATAAGGAATCATTTCCTCTCCATA
CTCAATCCCTCCATgTCTTTCCTTACTCTTAATATTCATTCATATTtCAGGGCCAAAACAATGATCCTAGCcGTTCACATCGTAGAACACaTAGAAAAATATAGGTTTGCAAAATATCAATATGATCATCCATGATAAATTTGTGAATAAGTTACCTTTTGTTTCGTAGATTGT
AAGGTTAAACTGTAGAATATATTTGCCATTCATTTTGCATAACAATTTGTAACATGTTTACATTGTCATTTAAATTTGACTTTATATTTGAAACTTTATATTATTTTAATTAGTTAATTAATTTGTCTTAACAATGAATAATAAAAAAAaaTTcTAAAaGTGAaTAATATTACAAT
CACGTTTAAAaGTGAAAAAaTaTTACAATCAACGTTGGCAATGTTCAGCCCTAATCAATATTGCCTCCAAATTGTGGTCCCGGCACAaCGCCCAGTACGTGGAACCACAAATGAAGGCGCGTGTCATAACTTAAAGCCCATCCTTTCACTTCATCCGACACATGCTCCCACC
ActATATTGGGATGTGTGGTACAaAGTGATGAGGGTGCAAAAAAAGTTGCACGAAATGATTGCTAATACGGGCAATAGCTATTTCTTTGCTCTGTTGGACTGGAACTGGAaGGgATCTCAaGGgCAAGTGAGTATAACAACCTCCAACATTCACGTCAAATTTTaCAGCACAA
AGTTGTAACGaGATGCAATGACTACCgCcAAACTTATACAGTCCATCCAATTTGATTCTGGAGCTGTAGGTAGGAAATAACtcAGTGACAAGATATTAAaTCATTAAAAAaGAGAAACAAGATATTAGAGCATATTAAAAAGATAAAaGAGAAAaaaaTATtAATAAAAaaGaTA
AATAAATAATtATATAAAAGAAaTGAATTAAATAAAaGAATTGAATTAAAtAATTAAATGAATtAGTAaTATAAaGAAATtAATTAATATAAATAATATAAATAAAGgAGGGAAGAGGGgTAAAaGGGTAAAAGGACAACATAAAGGTGGTGGGACAACATAAAGCTTAACTGA
ATCAAGAATTTGACTGTTCTATGTTCAaaaAAAAAAAaaaGGgAaTTTGACTGTTCTAGGTAAAAATAaTGTCTTTAAGAGCTCCCAAACAAGAGAACTTATTATGAAGCTGATAAATAGTTGAATTTGCAGTCTGCCATTGCAATTCCTCCTCAACCCACCaTAAAAGCAAGT
GGGTCTTCTTCTTTTGAGCTTGAGAGCAGGATCTGATTGCAGAAATGGAAGATTAAGAAGAAACGCATCAAATCCCAGAGTGAGTTTCTTATGTGCTCTTTAACAAGATAGTCTTCTCTGAATAATCTACTTTCTTCCTATTTACTTCCCCCCCcAAAAAAAaTCTACTTTCT
TCCCTCCAAATGACTTTTTCTTGGTTACAGCCTTTTCCCCTTTTCACTGTGGTTGATGGCTTTTTCTAACCTCAACATGACAACATCAGGTGCTTATGAAAACCCTGATCTTGATTTTTTATCTTATACAAAAGCTGAACTAAAGCTACTTCAGAAATCCTAAAGTTCTCCTTT
AGAATGGCTTTTCTAGTTTTTGCTTTGCATCTTTTGACTAACTGAGTAATGGGTTTTCTTAAAATTTGGTGACtaGAGTTTTGAGGGTTATGTGTTGGGgAATGGCTAAAGGGGCACAAAACCAACAAGGGGTGCCAGAAAATCTGaGAAGGCAGCTTGCTGTTGCTGTTAGG
AGTGTGCAGTGGAGCTATGGAATTTTCTGGTCATTGTCAACCAAACAAGAAGGGTATGGTTTACCTTTTTACTATTTTATTTATCTTCATATTTTTATGGTATGTCCTTAAACATTCTATTTCTTCAGTTTCTGTTGCTGGTTTTGCATAAATTTCCAGATCTGGGAAGAATAA
CGTCTAGTTATGCTCATTATAAATGCTTCCCATTCCATAAAAAAaTTGATTTCCCTGCTCATTTATGGCCTCTTTCCTGCAAATGTTAATACGCCTGCTGATTTATGGCCTCTTTCCCTGCCCAATATTTATGTTCATgTTTGCCTAGTATGTCATTACATAATTACATTTTCTA
TTTCTTCAGTTCATGTTGCTGTTTTCTTCATTATTTTTTGATAAAATAAAATAAAACAAAATTTCGTTGagAAAGCGACGAACGAGACCAAAGCTTCCCTTACAAAGGGTGAAATGCTGAAAGGGAAgAGATTGAAAGAAAAGTAGCTTCAAAGTTCAAACCTAACACAGGA
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TTACTTGGTTTGCATGTCCTTTGTGTTCAACCCCGGCCAAGGGTACAAGCTTTCTTCTGGACATTTTCATCTTTCTCTGTGgCTGTGAAAACTTaGTTACACTGAAAACTAAACAGAAAAAACCGAGATGTGACCGTTCAAATCTAAACAGAAAACTTAAAGTTTTAGAGTTT
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AGAAACCCAACTCTTTGCAGGCTTCAGAAaGAGAGGACAAAGAACTAGAACATGGCTGCAATGGCTGAGAGATGTCTAaTATGGGtAGTTGTATGCacaCCTTGGACACCATTTTctATATACAGGAAAGGCTTGGTTTgTCCAtcTAGGTTGGGGCTATTATATATAAATCAA
CTGATAAAACAACTTTtGACACTACCATAATATtATtATACAGAGGCCAGAGTAtGGTAGAAaTAGAGATTCACTGTATagCATAGTTGCTTAGGAAGTCTTtGTAAaCAAACTTTCATGAGACTTGTGAGATTAAACATTAAAGGCGTAATTATCTTCGCTTGCCATAAAATGG
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TTTACTCTATGTGGGATGTTGAAGTTGTATGGAAGCTGTTTGATCAAATACCCAATAGGGATATGGTTTtATGGAATGCAATGGTTTCGGTGTGCGCgAaGAGCGGGCAATACAGGGAGGCGTTTGAGATTTTTAGAGAAATGCAGTACGATGGTGTTAAACCAAAAGATGC
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AGACCTTTTCAGAAATGTTGAAGTTTGGAATAAAGCCCAATGAAGTTGTCTTCATTTCTCTTCTATCTGCTTGCAGTCATTGTGGGCTAGAAAATGAAGGCTGGACATGGTTTTATGCAATGGAGAAGGTATATGGTATTACTCCAAAACTTGCACActATGCTTGCATGGTG
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Got:
11B) MYCA1 scaffold 00554
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TtGGGgAAAAaaTGTtGGATTTTtCAGAGAGGGGGTGAAGAGTGGgAAGGAGATgAAGGTGGGTGGCAATGGCATTGTAGAGAGAGATTAGAGAGAGAGAGAGAgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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12) UFGT
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