J-GGA promoter sequences

Design of promoters for use in J-GGA Scaffold

Promoters Used

P5 highest J119031

BBa_J119031 Part-only sequence (36 bp)

ttgacaattaatcatccggctcgtaatttatgtgga

P14 medium J119033

BBa_J119033 Part-only sequence (36 bp)

ttgacaattaatcatccggctcgtataatgtgtgga

P9 lower J119032

BBa_J119032 Part-only sequence (35 bp)

ttgcctcttaatcatcggctcgtataatgtgtgga

Aligned (J31,32, and 33)

BBa_J119031 ttgacaattaatcatccggctcgtaatttatgtgga

BBa_J119033 ttgacaattaatcatccggctcgtataatgtgtgga

BBa_J119032 ttgcctcttaatcatcggctcgtatwaatgtgtgga

Consensus TTGMCWMTTAATCATCSGSYYSKWWWWWTRTGTGGA

Number of Sequences = 2 power 15 = 32,768

Aligned (J31 and 32 only)

BBa_J119031 ttgacaattaatcatccggctcgtaatttatgtgga

BBa_J119033 ttgacaattaatcatccggctcgtataatgtgtgga

Consensus TTGACAATTAATCATCCGGCTCGTAWWWTRTGTGGA

Number of Sequences = 2 power 4 = 16

New J-GGA Scaffold (after PCR mutagenesis with above primers)

Prefix: Gaattcgcggccgcttctagag

Junction A: Atagtctgttcatggtgc

Spacer: acgt

Junction B: ggctgatgtagttaaggc

Spacer: cgga

Junction C: gttctaatggggaccatc

Spacer: ttag

Junction D: cggagctatgtattcctg

Suffix: tactagtagcggccgctgcag

Sticky ends needed:

Junction A: GTGC

Junction B: GGCT

BBA_J31 GTGCTTGACAATTAATCATCCGGCTCGTAATTTATGTGGA

           AACTGTTAATTAGTAGGCCGAGCATTAAATACACCTTCGG

BBA_J33 GTGCTTGACAATTAATCATCCGGCTCGTATAATGTGTGGA

           AACTGTTAATTAGTAGGCCGAGCATATTACACACCTTCGG

CONS GTGCTTGACAATTAATCATCCGGCTCGTAWWWTRTGTGGA

          AACTGTTAATTAGTAGGCCGAGCATWWWAYACACCTTCGG

Oligos to be Ordered

J31top;GTGCTTGACAATTAATCATCCGGCTCGTAATTTATGTGGA

J31bot; GGCTTCCACATAAATTACGAGCCGGATGATTAATTGTCAA

J33top; GTGCTTGACAATTAATCATCCGGCTCGTATAATGTGTGGA

J33bot; GGCTTCCACACATTATACGAGCCGGATGATTAATTGTCAA

J31+32top; GTGCTTGACAATTAATCATCCGGCTCGTAWWWTRTGTGGA

J31+32bot; GGCTTCCACAYAWWWTACGAGCCGGATGATTAATTGTCAA